
Organizacija BOFA-e je ilustrovana u gornjem organogramu.
Svakodnevnim poslovanjem BOFA-e upravlja upravljačka grupa koju čine direktor i tri šefa odjela.
Tri šefa odjeljenja imaju sljedeće odgovornosti:
- Menadžer finansija: Odgovoran za finansije i administraciju.
- Operativni menadžer: Odgovoran za energentu, reciklažni centar, MiljØer i zvona za flaše, kao i internu i eksternu logistiku.
- Menadžer okoliša i projekta: Odgovoran za projektni odjel, mjesta za reciklažu, stanicu za transfer opasnog otpada, deponiju, prijemnu inspekciju i vagu.
Operativni menadžer i menadžer za životnu sredinu i projektni menadžer imaju po dva predmetna koordinatora koji osiguravaju svakodnevni i profesionalni kontakt sa zaposlenima u okviru svojih područja.
BOFA-in korisnički savjet sastaje se dva puta godišnje. Vijeće funkcionira kao savjetodavno tijelo bez ovlasti odlučivanja. To znači da korisnički savjet ne može donositi odluke o, na primjer, tarifama ili uslugama BOFA-e.
Sva pitanja u svakodnevnom poslovanju razjašnjavaju se između menadžerske grupe BOFA-e i menadžera centra u BRK-u za okoliš, planiranje i kulturu, kao i Komiteta za prirodu, okoliš i planiranje.
Planovi otpada, propisi i slično izrađuju se u saradnji sa Odborom za prirodu, životnu sredinu i planiranje.
Vrhovni organ BOFA-e je Općinsko vijeće.