ปุ๋ยหมักอาจมีกลิ่นได้หากไม่ได้รับออกซิเจนเพียงพอในระหว่างกระบวนการย่อยสลาย สิ่งนี้สามารถเกิดขึ้นได้ เช่น ในช่วงฤดูหนาวที่มีฝนตกมาก ซึ่งน้ำส่วนเกินอาจขัดขวางไม่ให้อากาศเข้าไปในกองปุ๋ยหมักได้
อย่างไรก็ตาม คุณภาพของปุ๋ยหมักจะไม่ได้รับผลกระทบ และหากคุณระบายอากาศให้ดีหลังจากเก็บแล้ว กลิ่นก็จะหายไป